Was gibt "ls /var/www/1" aus und welchen Sinn macht diese Ausgabe im Zusammenhang mit "SITES=`ls /var/www/vhosts/${MYDOMAIN}/statistics/webstat/current/`"
ls ist garantiert nicht dass was du willst.
Ferner macht die for-Anweisung überhaupt gar keinen Sinn.
Alles in Allem kann ich hier überhaupt keine korrekte Zeile finden, insofern ich hab den Sinn verstanden der erfüllt werden soll
#!/bin/sh
MYDOMAIN=`ls /var/www/1`
for i in $MYDOMAIN; do
SITES=`ls /var/www/vhosts/${i}/statistics/webstat/current/`
for j in $SITES; do
cp -r /var/www/vhosts/${i}/statistics/webstat/current/${j} /var/www/vhosts/${i}/statistics/webstat/
done
done