Das ist auch normal und ok so. Deine /virtuals.d/meinedomain.db listet lediglich die User und Aliases, die auf deinem Rechner für diese Domain vorhanden sind. Das bezieht sich aber nur für
empfangene Mail auf deinem Rechner. Mit dem
Absender von Mails haben diese Dateien gar nichts zu tun.
Wenn du direkt von deinem Rootserver aus die Mails mit einem falschen Absender versendest, wird Exim dir dafür einen X-Authentication-Warnung Header in die Mail einfügen und gleichzeitig den realen User auf dem System, der die Mail schrieb als Sender Header einfügen. Zumindest, wenn der User nicht als "trusted" eingetragen ist.
Wenn ein falscher Absender von extern eingeliefert wird, könntest du das mit sender_verify, sender_try_verify, oder diesen sender_callback Optionen erledigen. Aber vorsicht, damit kann man auch nützliche Mail erschlagen und wenn man das aktiviert, sollte man regelmässig und zeitnah seinen rejectlog kontrollieren!