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Hallo,

nach ca 45 Sekunden bricht bei mir die Ausführung von Scripten ab. Die php.ini ist soweit korrekt eingestellt.

In den Logs steht folgendes

[warn] [client xx.xxx.xxx.xxx] mod_fcgid: read data timeout in 45 seconds, referer:
[error] [client xx.xxx.xxx.xxx] Premature end of script headers: index.php, referer:

Wie kann ich das beheben?

Wie ist denn die php.ini eingestellt und welche der php.ini?

Das ist eine entscheidende Frage. Insbesondere wenn Du alles richtig eingestellt hast, warum fragst Du dann? ;-)
Daher, überlass die Einschätzung dem, der Dir die Frage beantworten will / kann.

Also Inhalt der php.ini anfügen, natürlich ohne Kommentare.

Die Warnung behebst Du durch anheben des entsprechenden Timmeouts in der mod_fcgid Konfiguration.
Den Error behebst Du durch das Entfernen der Leerzeilen hinter dem jeweils letzten ?> in allen PHP-Scripts und der Verwendung einheitlicher Zeilenenden (CRLF), sowie dem Entfernen etwaiger BOM (Byte-Order-Mark) in der Scripts.