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Ich habe in letzter Zeit des öfteren "Incorrect key file for table" für eine Tabelle mit recht vielen Einträgen (ca 750.000) und grossen Keys

mySQL ist 3.23.52

Woran kanns liegen?

du solltest darüber nachdenken auf MySQL 4 upzudaten. Soweit ich weiss, kann das besser mit größeren Datenmengen umgehen.